La zona di Berzo Inferiore era frequentata e abitata dagli antichi Camuni fin dalla preistoria, che vi transitavano, risalendo la Val Grigna, per raggiungere i passi montani che collegavano le valli contigue (Passo Maniva, Passo Corcedomini, ecc.). Era probabilmente la propaggine più a nord del lago d'Iseo o il confine di una vasta palude che giungeva anche alle pendici dei colli a nord dell'abitato di Berzo.
I Romani, dopo aver conquistato la Valcamonica, fecero passare per Berzo un ramo della via Valeriana; un'epigrafe romana attesta come a Berzo venissero onorate le "Fonti Divine".
Le terre del Comune di Berzo prospicienti l'Oglio, confinanti con il Comune di Esine, sotto il dominio longobardo appartennero al "gasindo", un vassallo di rango inferiore del re Desiderio, che nel 774 lasciò per testamento la volontà di vendere la corte di "Bergis" (Berzo): questo è il primo atto in cui viene nominata la zona.
Un documento attesta la cessione, avvenuta nel 960, di proprietà berzesi dal Vescovo di Cremona al Conte di Lecco.
Nel Medio Evo anche a Berzo sorgeva un castello, di cui ora non si hanno più tracce: è menzionato soltanto fra le tante proprietà della potente famiglia dei Conti Lambertini.
La diaconia di Berzo fu la prima, in ordine alfabetico, a essere nominata tra quelle dell'antica pieve di Cividate, che aveva competenza amministrativa religiosa sulla media Valcamonica.
Intorno al Mille, probabilmente sulle rovine di un tempietto precedente, fu costruita la piccola chiesa di San Lorenzo, che, nel 1415, fu poi ricostruita totalmente e divenne per secoli l'antica parrocchiale.
Il "Catastico" del Lezze (1610) ricorda la buona produzione di biade e vini e soprattutto la rifinitura, in dieci fucine, dei prelavorati per armature provenienti da Bienno.
Nel periodo fascista, quando più paesi di piccole dimensioni venivano riuniti in uniche amministrazioni, Berzo fu aggregato a Bienno. Riacquistò l'indipendenza amministrativa nel 1947.